3年后，组织被消灭，灰原哀也发明出了解药，让江户川柯南回到了原来的身份，自己也去了美国，后来工藤新一与毛利兰结婚，生下了一个女儿……故事从这里开始……女主人公工藤浅，是工藤新一与毛利兰的女儿，可以说是完全把父母的一切给继承了下来。14岁时，在一次飞机坠毁事件中，她进入了“时空隧道”回到了工藤新一和毛利兰相好的那时（国中）从而开始了异时空的冒险生活。我现在才发现他们经历了那么多……
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